Molde videregående skole er organisert i sju avdelinger:
- Avdeling for medier og kommunikasjon ledet av Tone Odette Rød
- Avdeling for musikk og formgivingsfag ledet av Marit Mordal
- Avdeling for realfag ledet av Kirsti Moe Oterhals
- Avdeling for samfunnsfag ledet av Knut Haugros
- Avdeling for språkfag ledet av Thor Arne Leistad
- Avdeling for rådgiving og dokumentasjon ledet av Jens Ove Nakken
- Avdeling for administrasjon og drift ledet av Harriet Martinsen